就组织架构而言，公共行政是一个由各个机构、部门、公共实体及其人员组成的系统，其宗旨是发展及规范各项以确保满足集体需要为目的之活动。因此，澳门特区公共行政是由根据法规设立，且按法规确立宗旨和权力基础的机构和部门组成，其运作方式如下：

　　公共行政是由为贯彻一般利益和澳门特区整体利益的机构及部门所组成，并可分为：

　　1)直接方式(直接行政)：由在等级上隶属于澳门特区行政长官或司长的专门机构和部门负责；

　　2)间接方式(间接行政)：由独立运作但受澳门特区行政长官或司长监督的自治法人机构负责。

　　被概括称为公共部门的直接行政机构可获授予不同程度的自治权：

　　1)一般部门：是与澳门特区行政长官或司长有等级从属联系的组织单位，不具备行政及财政自治权。

　　例如：财政局、行政暨公职局。

　　2)行政自治部门：具有本身权限作某些行政行为的组织单位，在等级上仍从属于澳门特区行政长官或司长，不具备财政自治权。

　　例如：教育暨青年局、体育发展局。

　　3)行政及财政自治部门：拥有本身的权限作各种行政行为，管理专有的具有本身收入的财政预算(澳门目前没有不具法人资格的行政及财政自治部门)。

　　此外，还包括另一类称为公共基金的实体。部门与公共基金的主要区别在于，部门是各种资源(人力，物力及财力)的集合体，为达至特定目标而建立，而基金是财政性质的工具，不涉及人力及相关财产，然而两者均有本身的领导或管理单位。

　　例如：学会

澳门资料政府行政组织

　　间接行政由负责某一领域及被称为公务法人的法人部门负责，且反映出在行政，财政及财产方面有不同程度的自治。澳门特区行政长官或司长对公务法人的活动有指导及监督权。

　　公务法人可分为以下几类：

　　1)法人部门或(狭义的)公务法人：一般来说其组织及运作与行政部门没有分别。然而法律人格的赋予使此等机构在运作上有较大的自主权和在管理其资源时有较大的自由。

　　例如：邮政局、印务局。

　　2)公共财团：以资产及相关收入为主要要素的公务法人，负责管理一项专款，该专款的资金源于拨作特定公共目的的收入。

　　例如：澳门基金会。

　　3)公共企业：是一种企业化组织，具有公法人资格，其运作受融合私法和公法的特定制度约束。它的主要特点是所管理的资本全属公有，并受公共团体领导和监察(澳门目前没有公共企业)。

　　4)公共团体：是一种社团性质的法人机构，基本上由公共及私人实体构成，职责是追求制度所定的利益。

　　例如：澳门土木工程实验室。

　　除直接行政的机构及间接行政的公务法人外，澳门特区行政机关还可根据需要设立咨询组织。

　　来源：澳门特区政府网站